Arrêt maladie en paie : IJSS, subrogation et maintien de salaire

Pendant un arrêt maladie non professionnel, la Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS) après trois jours de carence. L’employeur complète, sous conditions, selon la loi ou la convention collective, et décide s’il avance les IJSS (subrogation).

• IJSS : la caisse verse la moitié du revenu d’activité antérieur, plafonné (article R. 323-5), à partir du quatrième jour d’incapacité (article R. 323-1).
• Maintien légal : après un an d’ancienneté, l’employeur verse une indemnité complémentaire, 90 % puis deux tiers de la rémunération brute, après sept jours d’absence (articles L. 1226-1 et D. 1226-1 à D. 1226-3 du Code du travail).
• Subrogation : si l’employeur maintient le salaire, il perçoit à la place du salarié les IJSS correspondantes, dans les cas de l’article R. 323-11.
• Convention collective : elle peut prévoir mieux que la loi (ancienneté plus courte, carence supprimée, durée plus longue). Elle prime dès qu’elle est plus favorable.

La carence de la Sécurité sociale (trois jours) et celle de l’employeur (sept jours) ne courent pas sur les mêmes jours.

Le décret du 16 septembre 2026 a modifié l’article R. 323-1 pour les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 (et certains arrêts en cours à cette date). Pour un arrêt prescrit avant, vérifiez la version applicable à sa date de prescription : ce guide n’a pas relu l’ancienne rédaction.

IJSS journalière = 50 % × (somme des trois dernières paies mensuelles, chacune plafonnée à 1,4 SMIC mensuel) ÷ 91,25.

• Base : pour un salaire réglé mensuellement, 1/91,25 du montant des trois dernières paies des mois civils antérieurs à l’interruption (article R. 323-4, arrêts débutant à compter du 1^er avril 2025).
• Plafond : la base de chaque paie est retenue dans la limite de 1,4 fois le SMIC mensuel en vigueur le dernier jour du mois civil précédant l’interruption, sur la base de la durée légale.
• Taux : l’indemnité est égale à la moitié du revenu d’activité antérieur ainsi déterminé (article R. 323-5).
• Autres rythmes de paie : 1/84 des six ou douze dernières paies pour un salaire versé toutes les deux semaines ou chaque semaine ; 1/365 des douze derniers mois pour un travail discontinu ou saisonnier.

Valeur de référence pour 2026 : le SMIC mensuel brut à 35 heures est de 1 867,02 € depuis l’arrêté du 22 mai 2026 (service-public.gouv.fr). 1,4 × 1 867,02 donne un plafond mensuel d’environ 2 613,83 €, soit une IJSS maximale d’environ 43 € par jour. Confirmez la valeur retenue par la caisse sur ameli.fr, qui fait foi pour le versement.

Ouverture des droits : pour les six premiers mois d’arrêt, il faut justifier de cotisations sur les six mois civils précédents au moins égales à celles dues pour un salaire de 1 015 fois le SMIC horaire, ou de 150 heures de travail sur trois mois (article R. 313-3). Au-delà de six mois, les seuils passent à 2 030 fois le SMIC horaire ou 600 heures sur douze mois, avec douze mois d’affiliation.

Durée maximale : pour les affections hors ALD, l’article R. 323-1 fixe à 360 le nombre d’indemnités journalières sur toute période de trois ans (rédaction applicable aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026). Le régime des ALD est distinct et n’est pas détaillé ici.

L’indemnité complémentaire de l’article L. 1226-1 complète les IJSS pour atteindre 90 % puis deux tiers de la rémunération brute que le salarié aurait perçue.

Conditions de l’article L. 1226-1 : une année d’ancienneté, justification de l’incapacité dans les quarante-huit heures, prise en charge par la Sécurité sociale, soins en France ou dans l’Espace économique européen. Les salariés à domicile, saisonniers, intermittents et temporaires en sont exclus. Aucune indemnité n’est due en cas de fraude avérée.

Chaque période de cinq ans entière au-delà de la première année ajoute dix jours à chacune des deux durées, sans dépasser 90 jours (D. 1226-2). Le tableau applique cette règle ; contrôlez-le sur votre dossier avant usage.

• Rémunération de référence : celle qui correspond à l’horaire pratiqué dans l’établissement pendant l’absence ; une augmentation d’horaire due à l’absence elle-même est ignorée (D. 1226-7).
• Déduction : on déduit de l’indemnité les allocations de la Sécurité sociale et, pour la prévoyance, la seule part financée par l’employeur (D. 1226-5). Si la Sécurité sociale réduit ses IJSS (hospitalisation, sanction), elles sont réputées servies intégralement (D. 1226-6).
• Douze mois glissants : pour une période de paie, on tient compte des indemnités versées pendant les douze mois antérieurs, afin de ne pas dépasser la durée applicable (D. 1226-4).

La caisse ne peut pas suspendre les IJSS parce que l’employeur maintient le salaire. La subrogation règle ensuite qui encaisse.

L’article R. 323-11 distingue quatre cas :

• Salaire maintenu en totalité : l’employeur est subrogé de plein droit, quelles que soient les clauses du contrat.
• Salaire maintenu en tout ou partie sous déduction des IJSS : si l’employeur paie sans opérer la déduction, il est subrogé à condition que le salaire maintenu soit au moins égal aux indemnités dues.
• Autres cas : l’employeur peut seulement réclamer au salarié les IJSS perçues, dans la limite du salaire maintenu.
• Avantages en nature maintenus : l’employeur et le salarié peuvent demander à la caisse de verser à l’employeur la part d’IJSS correspondant à leur valeur.

Sans subrogation, la caisse paie le salarié, et le bulletin retient les IJSS dans le calcul du net. Avec subrogation, l’employeur avance l’indemnité, puis la récupère auprès de la caisse. Les deux cas se déclarent différemment ; le signalement de l’arrêt et la subrogation se déclarent en DSN (voir le guide sur les signalements d’arrêt de travail et de fin de contrat).

Pour que la caisse calcule les IJSS, l’employeur établit une attestation relative aux paies de la période de référence, adressée par voie électronique.

L’article R. 323-10 prévoit qu’elle indique la période et le nombre de journées et d’heures de travail auxquelles s’appliquent les paies, leur montant et leur date, la retenue d’assurances sociales, le numéro de cotisant de l’employeur et l’organisme auquel il verse ses cotisations. Elle est transmise par l’employeur sous forme électronique ; à défaut, le salarié reçoit une version papier à remettre à la caisse.

Les trois dernières paies et les heures travaillées doivent donc être exactes avant l’arrêt : elles fixent le montant versé au salarié.

Salarié à 2 000 € brut par mois, plus de un an et moins de six ans d’ancienneté, 30 jours indemnisés par l’employeur.

Hypothèses fictives : trois dernières paies de 2 000 € chacune, inférieures au plafond d’environ 2 613,83 € ; arrêt au-delà de la carence des deux parties ; salaire journalier de référence calculé sur 30 jours (2 000 ÷ 30) ; convention collective sans disposition plus favorable. Le calcul du salaire journalier peut suivre une autre règle dans votre convention.

1. Revenu d’activité antérieur journalier : (3 × 2 000) ÷ 91,25 = 65,75 €.
2. IJSS journalière : 50 % × 65,7534 = 32,88 €.
3. Maintien à 90 % : 2 000 × 90 % ÷ 30 = 60,00 € par jour.
4. Indemnité complémentaire de l’employeur : 60,00 − 32,88 = 27,12 € par jour, soit 813,60 € sur 30 jours. L’article D. 1226-5 déduit « les allocations que le salarié perçoit de la sécurité sociale » sans préciser s’il s’agit du brut ou du net : l’exemple retient les IJSS brutes, à confirmer pour votre cas.
5. Total perçu par le salarié (IJSS + complément) : 60,00 € × 30 = 1 800,00 €, avant prélèvements propres à chaque flux.

Le traitement social et fiscal de ces sommes (assiette, CSG, CRDS, retenue à la source) n’est pas détaillé ici : il suit des règles distinctes à vérifier sur le BOSS.

Les erreurs viennent presque toujours d’un délai mal compté ou d’une déduction oubliée.

• Confondre les deux carences : trois jours côté caisse, sept jours côté employeur. Reprenez les dates d’arrêt sur l’avis de la caisse.
• Oublier de déduire les IJSS de l’indemnité complémentaire (D. 1226-5) : le salarié reçoit alors plus que 90 %. Régularisez sur la paie suivante après vérification.
• Ignorer l’ancienneté au premier jour d’arrêt : elle détermine la durée à 90 % puis aux deux tiers.
• Ne pas appliquer la convention collective lorsqu’elle est plus favorable : voir le guide sur la convention collective.
• Attestation tardive ou fausse : le salarié attend ses IJSS. Contrôlez les trois dernières paies et les heures avant envoi.

Une erreur déjà payée se corrige par régularisation : voir le guide sur la correction d’une erreur de paie.

1. Date de début d’arrêt et date de reprise, relevées sur l’avis d’arrêt.
2. Ancienneté au premier jour d’arrêt et convention collective applicable.
3. Régime choisi : subrogation ou non, avec la raison et la période.
4. Attestation de salaire transmise, trois dernières paies relues.
5. Maintien calculé jour par jour, IJSS déduites, compteur des douze derniers mois à jour.
6. Signalement de l’arrêt effectué dans le délai prévu.

Aujourd’hui, Remuflow Paie présente le dossier entreprise, la liste des salariés, la campagne de paie du mois et le détail d’un bulletin. Les absences maladie, la subrogation et le maintien de salaire sont prévus, pas encore disponibles. Les contrôles avant dépôt visent à détecter ce type d’anomalie dans la chaîne déclarative prévue.